电视动画《科学超电磁炮S》是根据日本小说家镰池和马原作、漫画家冬川基作画的漫画《科学超电磁炮》改编的动画作品，亦是电视动画《科学超电磁炮》的第2期动画。原作漫画是以轻小说《魔法禁书目录》中的人物御坂美琴为主人公而展开的故事，作为动画第二期的《科学超电磁炮S》则以漫画版“妹妹篇”剧情为主线。
