遥远时空中3:红之月是继『遥远时空中2』后又过了大约100年的异世界主角春日望美是个普通的高中生少女,却因邂逅一名奇怪的少年,被选为『白龙的神子』,穿越时空移动到了正在展开源平之战的另一个世界主角在那里受到源氏军队的保护,并得知为了回到原来的世界,必须封印怨灵,提高龙神的力量而制造与控制怨灵的正是平家,就这样,主角被卷入了与平家的战争