冒险的舞台在关东少年小红从口袋妖怪研究所的大木博士那里得到了搭档小火龙，并与他一起展开大冒险。 小红的目的就是为了帮博士完成，口袋妖怪图鉴的收集工作。因此他和小火龙一起和各种口袋妖怪相遇并战斗。 在战斗中，小红遇到了作为对手的小绿，并和其一起与火箭队展开战斗。为了与火箭队的BOSS坂木展开对决，他们在去挑战的过程中与各种未知的口袋妖怪相遇！
