Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人,而主人公的大门界人则是Phi-Brain的候补者之一在界人揭开贤者之谜和愚者之谜之后,便获得了"Solver"的指名。于是大门界人与青梅竹马的井藤野乃叶以及其他拥有解答者身份的同伴们一起,与神秘团体POG和Orpheus Order展开解谜对决。
