明治11年夏，大久保内务卿遭到暗杀，通过这一事件，志志雄真实在背后的黑影得以浮现在过去，志志雄曾作为人斩拔刀斋的后继者挥剑，如今却成为被新政府作为危险份子试图杀掉的男人。在剑心方面，当他得知志志雄试图颠覆明治政府的企图之后，离开了阿熏，为了阻止这一阴谋来到京都……
