故事发作在人与MS战争共处的国度、新托比亚。某天，罪恶MS军团“新亚古捷斯”手下“先锋渣古”，带领渣古兵团，希图入侵。一位名叫“阿修”的少年，有意中启动觉醒的MS队长高达”，更在他协助下，打败先渣古军团。为对立新亚古捷斯入侵，“SD高达战队”正式成立，后来愈加下去自异空间，为挽救故土危机，离开新托比亚的兵士“翼之骑士．零”及“炎之...
