在21世纪初,人类因全球暖化的影响而得到了大半的海洋。此时,在世界各地忽然呈现了搭载着奥秘超兵器被称为雾之舰队的战舰群,对其毫无招架之力的人类得到了制海权,并且再也无法自在飞行于大海之上。17年后,千早群像与其同伴们在不知觉中搭上了潜水舰伊401,并与伊401的心智范本伊欧娜一同挑起了与雾之舰队间的烽火。