故事以大都市纽特市为舞台，在那里正在兴修为维护神奇宝物而设立的设备神奇宝物山庄，行将在近期竣工。但是因得到了过来的故土，而将所见的一切都视作朋友攻击的盖诺赛克特也呈现在这里！只见他朝着在现场的小智和皮卡丘发射毁坏技术，千钧一发之际，呈现在小智等人面前维护他们的，居然是传说中的神奇宝物‧超梦！超梦以为盖诺赛克特和他...
